根粒菌は細菌。菌根菌は菌類。
根粒菌と菌根菌は全く異なる生物である。根粒菌は細菌の仲間で原核生物である（原核生物とは核を持たない極めて原始的な生物）。根粒菌は単細胞生物であり、根粒の中に多数生息している。
一方、菌根菌は菌類であり真核生物である。いわばキノコなどの仲間である。多細胞生物であり、根の中に菌糸を形成している。アーバスキュラー菌根は、大多数（80%）の陸上植物の根にみられる。
役割の違い
根粒菌は気体の窒素N2をアンモニウムイオンとして宿主に供給する役割を持っている。
一方、菌根菌は植物の根から菌糸を伸ばし、土中の窒素分やリン酸を吸収してそれを植物に供給する。
