ミトコンドリアDNAはミトコンドリアのどこにあるの？

ミトコンドリアDNAはマトリックス内にある

ミトコンドリアは好気性細菌が真核細胞に細胞内共生をしてできた細胞小器官です。元々別の生物だったため、独自のDNA（ミトコンドリアDNA）を持っています。

ミトコンドリアDNAは、ミトコンドリアのマトリックスと呼ばれる内膜に包まれた部分にあります。内膜で包まれていた部分が元々の好気性細菌の名残であると考えると、マトリックスに存在するのは自然のことです。

元々は細菌だったんだから、DNAが細胞の中央にあるのは自然なことだね。