クエン酸回路は解糖系からピルビン酸を受け取って、化学反応を行うが、それ以外にも方法はある。
ガンジーが断食をしていたとき、みるみる体の骨と皮になっていった姿から、脂肪とタンパク質（筋肉）がエネルギーを作るために使われたことが想像できる。まさに、その通りで、クエン酸回路は脂肪とタンパク質でも回すことができる。
このように、呼吸によって分解されるものを呼吸基質と呼ぶ。
「脂肪とタンパク質を分解中のガンジー」
脂質の代謝
体内での脂肪は、脂肪酸（-COOH）とグリセリン(OHが３つある）が脱水縮合したエステル(-COO-結合を持っている）が一般的だ。下の構造式はトリステアリンという脂肪である。COO結合が脂肪酸とグリセリンの結合部位にある。
脂肪が加水分解されると、脂肪酸とモノグリセリドに分解される。モノグリセリドとは、グリセリンに脂肪酸が１つだけくっついている物質である。
http://www.shinko-keirin.co.jp/keirinkan/j-scie/q_a/life2_02.html
脂肪酸はミトコンドリアのマトリックスでβ酸化されて、アセチルCoAになる。β酸化とは、脂肪酸にCoAがついて、剥がれてを繰り返し、アセチルCoAを生産していく反応である。生産されたアセチルCoAはクエン酸回路で使われる。また、モノグリセリドは解糖系で消費される。
β酸化（ベータさんか）とは脂肪酸を酸化して脂肪酸アシルCoAを生成し、そこからアセチルCoAを取り出す代謝経路のことである。β酸化は4つの反応の繰り返しから成り、反応が一順するごとにアセチルCoAが1分子生成され、最終生産物もアセチルCoAとなる。
http://ja.wikipedia.org/wiki/%CE%92%E9%85%B8%E5%8C%96
β酸化の例http://www.nutri.co.jp/nutrition/keywords/ch3-4/keyword6/
タンパク質の代謝
タンパク質はアミノ酸が繋がったものである。はじめに加水分解によって、アミノ酸に分解される。そして、脱アミノ反応によってアンモニアと有機酸に分解される。脱アミノ反応とは、アミノ基（-NH2）を除去し、NH3を合成する反応である。アンモニアは肝臓で尿素に変えられる。有機酸とは、有機物の酸の総称である。カルボン酸(-COOH）であることが多い。有機酸はピルビン酸や、アセチルCoAの材料として使用され、クエン酸回路で使用される。
