アレルギー
整体に不都合な過敏な免疫反応をアレルギーと呼ぶ。花粉、牛乳、そば粉、卵などが抗原となって抗体が産生される。抗体が皮膚や気管に存在するマスト細胞（肥満細胞）に結合し、マスト細胞からヒスタミンが分泌される。
ヒスタミンは花粉症や発疹、喘息発作などの症状を引き起こす。
ちなみに、肥満細胞とは哺乳類の粘膜下組織や結合組織などに存在する造血幹細胞由来の細胞である。肥満細胞という名前ではあるが肥満とは関係が無く、膨れた様が肥満を想起させることからついた名前である。
アレルギーの種類
アレルギーには即時型と遅延型の２種類に分けられる。
即時型アレルギー
即時型アレルギーは抗原が体内に入るとアレルギー性鼻炎、気管支喘息、蕁麻疹等の症状がすぐに生じる。また、反応が激しく、全身性のものをアナフィラキシーと呼び、さらに急速な血圧低下によりショック状態を呈したものをアナフィラキシーショックという。また、この種のアレルギー症状は、10分前後で現れてくる。
遅延型アレルギー
遅延型アレルギーには細胞性免疫が関わるため、症状がでるまでに２４時間以上かかる。ツベルクリン反応（下画像）、接触性皮膚炎などがある。
自己免疫病
また、抗体によって筋肉の伝達が阻害され、筋肉が脱力する重症筋無力症などもある。
エイズ（後天性免疫不全症候群）
HIV（ヒト免疫不全ウィルス）はヘルパーT細胞に感染するウィルスである。ヘルパーT細胞が感染し、破壊されるとB細胞やキラーT細胞が活性化されなくなり、獲得免疫が機能しなくなる。これがエイズが治療できない病気である理由である。エイズの発症は遅らせることはできても、完全に治すことは今のところできない。
HIVは膜の中に殻があり、さらにその殻の中にRNAを持っている。
エイズに感染すると、免疫機能が働かないために至るところで病原菌が繁殖する。そのため、弱い病原菌であっても重症化する日和見感染が起こる。
