ナトリウムイオンはカリウムイオンに比べて小さく、同じ一価の陽イオンです。ナトリウムチャネルの穴はカリウムイオンよりも小さいので通ることができません。一方、カリウムチャネルの穴はナトリウムイオンよりも大きく、ナトリウムイオンはカリウムチャネルに入ることが実際にできます。
しかし、カリウムチャネルの穴の道には小さな穴がたくさん空いています。カリウムイオンはこの小さな穴よりも大きいため影響はありませんが、ナトリウムイオンはこの穴にはまってしまい、中々チャネルを通過することができません。このようにして、カリウムチャネルをナトリウムイオンが通ることを防いでいます。
参考記事:カリウムチャネルは K+ イオンより小さな Na+ イオンの通過をどのようにして阻止しているのか
こんな簡単な仕組みなので、実際には全てのナトリウムイオンの通過を防ぐことはできず、1/40~1/80の確率でナトリウムイオンもカリウムチャネルを通過するよ。